Bahagian Pendakwaan Jabatan Agama Islam Selangor sebelum ini adalah terletak di bawah pentadbiran Jabatan Agama Islam Selangor (JAIS) sebagai salah satu bahagian yang berfungsi untuk menjalankan tanggungjawab melaksanakan tadbir urus dan mengendalikan persidangan pendakwaan kes-kes syariah. Pada peringkat awal urusan penguatkuasaan dan pendakwaan syariah, dijalankan oleh sebuah bahagian di JAIS yang diketuai oleh seorang Ketua Penolong Pengarah (KPP) .
Mulai tahun 2007, Jabatan Agama Islam Selangor telah mula mengambil inisiatif untuk meletakkan struktur pengurusan penguatkuasaan dan pendakwaan syariah kepada dua bahagian berasingan bagi memantapkan keberkesanan tugas dan peranan kedua-dua bahagian yang mempunyai fungsi yang berbeza . Bahagian Pendakwaan diketuai oleh seorang Ketua Pendakwa Syarie/Ketua Penolong Pengarah (KPS/KPP), manakala Bahagian Penguatkuasaan diketuai oleh seorang Ketua Pegawai Penguakuasa Agama (KPPA) .
Cadangan untuk mengasingkan Bahagian Pendakwaan, JAIS untuk dinaik taraf kepada satu jabatan yang berasingan adalah usaha bagi memperkemas dan memperkukuhkan kedudukan institusi perundangan syariah di negara ini amnya dan di Selangor khasnya. Usaha mempertingkatkan imej, kecekapan dan keberkesanan, mempunyai kepentingan yang sejajar dengan aspek kecemerlangan ianya juga sebagai penyampaian perkhidmatan, akauntabiliti dan profesionalisme dalam undang-undang Syariah di Malaysia.
Sebelum ini Kerajaan Negeri Selangor telah pun memisahkan dua institusi utama di bawah pentadbiran Jabatan Agama Islam Selangor (JAIS) iaitu Jabatan Mufti dan juga Mahkamah Syariah (dahulunya Mahkamah Qadhi). Berasaskan prinsip pengasingan kuasa, institusi kehakiman syariah telah dipisahkan secara rasminya daripada pentadbiran JAIS pada tahun 1991 dan kini dikenali sebagai Jabatan Kehakiman Syariah Selangor (JAKESS).
Di peringkat Persekutuan, bagi memperkasakan tadbir urus pendakwaan syariah di negeri-negeri agar bertepatan dengan doktrin pengasingan kuasa serta justifikasi lain yang kukuh, Persidangan Ketua-Ketua Jabatan Agama Islam/ Majlis Agama Islam Negeri (PKJ) kali ke-92 pada 24 hingga 25 Oktober 2013 telah bersetuju terhadap cadangan pengasingan Bahagian Pendakwaan daripada Jabatan Agama Islam Negeri (JAIN) dan dinaik taraf kepada sebuah Jabatan.
Mesyuarat Majlis Kebangsaan Bagi Hal Ehwal Ugama Islam Malaysia (MKI) kali ke-56 pada 16 Januari 2014 telah bersetuju akan perkara-perkara seperti yang berikut :
i) Pengasingan Bahagian Pendakwaan daripada JAIN untuk dinaik taraf kepada Jabatan Pendakwaan Syariah Negeri;
ii) Jabatan Pendakwaan Syariah Negeri yang akan ditubuhkan perlu mendapat perkenan Majlis Agama Islam Negeri (MAIN); dan,
iii) Satu gred perjawatan yang bersesuaian perlu diwujudkan dan diselaraskan oleh JPA.
Mesyuarat Jemaah Menteri yang telah bersidang pada 20 Mac 2015. Mesyuarat telah menimbang dan bersetuju.
i) Dengan pengasingan Bahagian Pendakwaan Syariah daripada Jabatan Agama Islam Negeri ( JAIN ) untuk dinaiktaraf kepada sebuah jabatan yang dinamakan “ Jabatan Pendakwaan Syariah Negeri ” ; dan,
ii) Supaya mewujudkan struktur perjawatan Jabatan Pendakwaan Syariah Negeri yang sesuai dengan keperluan pihak berkuasa negeri dan diselaras oleh Jabatan Perkhidmatan Awam ( JPA ).
Di peringkat Negeri Selangor, usaha ke arah pengasingan ini telah dibuat seawal tahun 2009 lagi . Satu resolusi telah dicapai dalam Majlis Munaqashah Pemerkasaan MAIS 2009-2011 yang telah diadakan pada 5 hingga 6 Februari 2009 di Hotel Bluewave, Shah Alam yang antara lain telah bersetuju bahawa Bahagian Pendakwaan perlu diasingkan daripada Jabatan Agama lslam.
Rentetan dari resolusi tersebut, satu Kertas Cadangan Pengasingan Bahagian Pendakwaan daripada Jabatan Agama lslam telah dibawa ke Mesyuarat Majlis Agama Islam Selangor Bil.2/2009 yang bersidang pada 14 Mei 2009 di Bilik Gerakan Mesyuarat, Majlis tindakan Ekonomi Selangor (MTES), Bangunan Sultan Salahuddin Abdul Aziz Shah (SSAAS) telah bersetuju dengan cadangan pengasingan serta penubuhan Jabatan Pendakwaan Syariah Negeri Selangor . Cadangan tersebut seterusnya telah diperkenankan oleh Duli Yang Maha Mulia Tuanku Sultan Selangor pada 3 Jun 2009.
Kertas cadangan tersebut kemudiannya telah diangkat ke Majlis Mesyuarat Kerajaan Negeri (MMKN) Bil 29/2009 pada 9 September 2009 dan ahli mesyuarat MMKN selanjutnya telah sebulat suara meluluskan pengasingan Bahagian Pendakwaan daripada JAIS menjadi sebuah jabatan baharu yang dinamakan sebagai Jabatan Pendakwaan Syariah Negeri Selangor. Keputusan ini disahkan dalam Majlis Mesyuarat Kerajaan Negeri (MMKN) ke 30/2009 pada 16 September 2009.
Permohonan mewujudkan Jabatan pendakwaan Syariah Selangor telah dibuat oleh pihak PSM SUK Selangor kepada Bahagian Pembangunan Organisasi, Jabatan Perkhidmatan Awam (BPO JPA) pada 29 Jun 2010. BPO JPA telah mengadakan mesyuarat pewujudan Jabatan Pendakwaan Syariah Selangor pada 27 Julai 2010. Mesyuarat telah mengarahkan Bahagian Pendakwaan JAIS mengemukakan permohonan lengkap melalui Bahagian Pengurusan Sumber Manusia (BPSM) SUK Selangor.
PSM SUK telah mengemukakan kembali permohonan lengkap kepada BPO JPA pada 18 Januari 2011. BPO JPA telah menerima permohonan PSM SUK melalui surat maklumbalas bertarikh 9 Februari 2011. Keputusan akan dimaklumkan oleh BPO JPA apabila tindakan/kajian keatas permohonan tersebut selesai dijalankan.
PSM SUK sekali lagi telah menyediakan kertas cadangan mengenai Status Cadangan Penubuhan JAPESS kepada Pihak Berkuasa Negeri (PBN) dan melalui MMKN ke 30/2015 yang diadakan pada 17 September 2015 dan disahkan oleh MMKN ke 31/2015 pada 22 September 2015 telah mengambil maklum mengenai perkembangan terbaru berkaitan status penubuhan Jabatan Pendakwaan Syariah Negeri Selangor.
Akhirnya, melalui surat makluman rasmi yang diterima daripada Perbendaharaan Negeri Selangor bertarikh 26/4/2018, kepada Pengarah Jabatan Agama Islam Selangor (JAIS) telah memaklumkan secara rasmi penubuhan Jabatan Pendakwaan Syariah Negeri Selangor (JAPESS) lanjutan daripada surat kelulusan Kementerian Kewangan bertarikh 2 April 2018. Waran Perjawatan Bilangan 15 Tahun 2018 telahpun ditandatangani dan diluluskan oleh YB Pegawai Kewangan Negeri Selangor bertarikh 24 April 2018 mengikut Perkara 112 Perlembagaan Persekutuan dan berkuatkuasa mulai 1 April 2018.
Sehingga kini, JPSS telah beroperasi dengan kekuatan 35 orang pegawai/kakitangan bertaraf tetap dan berpencen. JAPESS juga telah diluluskan perjawatan kakitangan kontrak seramai 4 orang melibatkan Penolong Pegawai Tadbir (N29), Pembantu Tadbir Kewangan (W19), Pembantu Juruteknik Komputer (F19) dan Pembantu Operasi (N11).
Sehingga 2022, Wilayah Persekutuan, Selangor, Pahang, Terengganu, Perak, Melaka, Pulau Pinang dan Negeri Sembilan telahpun selesai urusan penubuhan Jabatan Pendakwaan Syariah, Waran Perjawatan dan pengasingan dari Jabatan Agama Islam Negeri. Manakala negeri-negeri lain masih dalam tindakan peringkat Negeri/BPO JPA.
Ketua Pendakwa Syarie Selangor
Ketua Pendakwa Syarie yang pertama iaitu Tuan Hadri bin Idris yang berkhidmat pada 1 Mac 2004 hingga 13 Jun 2004.
Kemudian pada 2 Mei 2006 hingga 1 Oktober 2006, Tuan Hairuddin bin Abd. Samad dilantik sebagai Ketua Pendakwa Syarie kedua.
Seterusnya Datin Raja Darulehsan binti Raja Ariffin dilantik sebagai Ketua Pendakwa Syarie ketiga sehingga 3 Disember 2007.
Seterusnya Tuan Mohamad Rais bin Rasid dilantik sebagai Ketua Pendakwa Syarie keempat sehingga 18 Mei 2008.
Tuan Azmi bin Ibrahim dilantik sebagai Ketua Pendakwa Syarie kelima dan berkhidmat pada 18 Ogos 2008 hingga 3 Oktober 2008.
Bermula 16 Januari 2009 hingga 21 Ogos 2017, Tuan Abdul Shukor bin Abdul Hamid dilantik sebagai Ketua Pendakwa Syarie keenam dan merupakan Ketua Pendakwa Syarie pertama dari skim lantikan LS (Skim Pegawai Syariah).
Seterusnya Puan Sofian binti Ahmad dilantik sebagai Ketua Pendakwa Syarie ketujuh sehingga 31 Disember 2018.
Kemudian berikutan penaiktarafan Bahagian Pendakwaan menjadi sebuah Jabatan mulai 2 Januari 2019, Ketua Pendakwa Syarie yang baharu telah dilantik iaitu Tuan Abu Bakar bin Daud. Beliau merupakan Ketua Pendakwa Syarie kelapan sehingga 14 Mac 2021.
Kepimpinan Jabatan Pendakwaan Syariah Selangor diteruskan oleh Ketua Pendakwa Syarie ke Sembilan iaitu Tuan Haji Zainor Rashid Bin Hassin mulai 15 Mac 2021 dan masih berkhidmat sehingga kini.
Timbalan Ketua Pendakwa Syarie Selangor
Jawatan Timbalan Ketua Pendakwa Syarie diwujudkan bagi membantu Ketua Pendakwa Syarie dalam menjalankan pengurusan pendakwaan.
Timbalan Ketua Pendakwa Syarie pertama adalah Tuan Zusyarafain bin Yusoff. Beliau berkhidmat pada tahun 2008 sehingga 2014. Seterusnya,
Tuan Mohammad Zaim bin Mohamad Hassim merupakan Timbalan Ketua Pendakwa Syarie kedua. Beliau berkhidmat bermula 2 januari 2015 hingga 1 februari 2018.
Pada 2018, Tuan Mohd Nazri bin Mohd Ariffin dilantik sebagai Timbalan Ketua Pendakwa Syarie yang ketiga sehinggan 15 Oktober 2019.
Penerus peneraju sebagai Timbalan Ketua Pendakwa Syarie digalas oleh Tuan Atras Bin Mohamad Zin mulai 16 Oktober 2019 dan masih berkhidmat hingga kini.